En la segunda mitad de los noventas se inició el diseño e implementación de nuevos instrumentos de política de educación superior. Primero sobre la base de la concertación entre SEP y Anuies desarrollada en la década previa y posteriormente bajo el control de la autoridad educativa federal. Se inicia la transición con la puesta en marcha de tres instrumentos con recursos financieros: el Fondo para la Modernización de la Educación Superior (FOMES, 1990), el Programa de Mejoramiento del Profesorado (PROMEP, 1996) y los programas de estímulos al desempeño del personal docente (1999) en las universidades públicas. El propósito declarado de la triada era brindar a las universidades públicas los recursos de infraestructura material y humana para procesos y proyectos de superación académica y mejora administrativa.